En 1517, naît la Réforme. Elle se développe rapidement chez les les seigneurs et dans les villes. En 1555, la paix d'Augsbourg règle la question religieuse d'après le principe "cujus regio, ejus religio", selon lequel le seigneur choisit la religion de ses sujets. La pluralité religieuse n'est pas admise. Dépendant de l'évêque de Spire, le bailliage de Lauterbourg, dont Néewiller, reste catholique.
Les tensions deviennent vives. Un affrontement se prépare entre catholiques et protestants. A l'Union évangélique des protestants formée en 1607 autour de l'Electeur palatin répond la Sainte Ligue catholique en 1609. La guerre de Trente Ans éclate en 1618. Frédéric V, chef de l'Union évangélique, est nommé roi de Bohème en 1619. Un de ses généraux, le comte de Mansfeld envahit l'évêché de Spire à la tête de 20 000 hommes. Entré à Lauterbourg le 18 novembre 1621, cet aventurier quitte le pays en juillet 1622. Les Impériaux commandés par l'archiduc Léopold font leur entrée à Lauterbourg le 3 août. Une armée chasse l'autre. La situation est triste.
En 1631, avec l'intervention du roi Gustave-Adolphe de Suède, cette guerre de religion prend une nouvelle dimension. Un détachement de Suédois se dirige vers le Palatinat en 1632. Lauterbourg est occupée et les impériaux reprennent bientôt la ville. Les villages sont pris, repris et saccagés. D'atroces massacres! La France entre en lice en 1633. Ses troupes occupent le Palatinat. Lauterbourg est prise et pillé. En 1635, les troupes suédoises occupent à nouveau Lauterbourg. Les Croates ravagent la région entre le Seltzbach et la Lauter en 1639.

Hélas, le renouveau est compromis par la peste et par trois nouvelles guerres dont l'Alsace du Nord est successivement victime, à savoir: la guerre de la Ligue de Hollande (1672-1679), la guerre Palatine, dite aussi guerre de la Ligue d'Augsbourg (1688-1697), et la guerre de Succession d'Espagne (1701-1714).